1996年，清華大學與深圳市政府合作創辦了中國第一家新型科研機構深圳清華大學研究院（簡稱“深清研院”）。建院以來，深清研院首創“四不像”創新體制：既是大學又不完全像大學，既是科研機構又不完全像科研院所，既是企業又不完全像企業，既是事業單位又不完全像事業單位；形成研發平臺、人才培養、科技金融、孵化服務、創新基地和國際合作六大功能板塊，在探索把科研成果轉化融入企業孵化的新途徑中，努力把科技經濟兩張皮貼在創新創業企業的載體上。創造了五個“第一”：第一家新型科研機構；第一個提出“四不像”理念及模式；第一家新型科研機構的創業投資公司；第一個新型科研機構的科技金融平臺；第一家新型科研機構的海外創新創業中心。

深清研院累積投入9億多元，成立了面向戰略性新興產業的70多個實驗室和研發中心，擁有包括國內外院士8名、973首席科學家6名在內的數百人的研發團隊；累計孵化企業3000多家，培養上市公司27家；在珠三角地區成立了一批創新中心及孵化基地；為中小微科技企業提供“一攬子”科技金融支持，用投貸結合、投保結合等創新方式為科技企業提供服務；先后創立北美（硅谷）、英國、俄羅斯、德國、以色列、美東（波士頓）、日本等七個海外中心，引進海外人才和高水平科技項目，在國際技術轉移領域進行有益探索。因對廣東省及深圳市的科技經濟發展做出了卓越貢獻，“深圳清華大學研究院產學研深度融合的科技創新孵化體系建設”項目于2015年獲得廣東省科學技術獎特等獎。