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衢州復旦研究院（注冊名：衢州市復大生物醫藥創新研究院）是衢州市政府與復旦大學共建的生物醫藥研發與轉化平臺。研究院將依托復旦大學在生命健康領域基礎研究和新藥研發的人才資源和技術平臺，借助衢州的區位優勢及政策優勢，建設集科研人才集聚、科技成果轉化、創新企業孵化、創新創業人才培養和戰略性新興產業培育為一體的高端創新創業平臺，努力成為創新藥物的孵化器、藥物研發的服務器和醫藥產業的加速器，推動衢州乃至長三角生物醫藥產業的高質量發展。衢州復旦研究院以復旦大學上海醫學院為主要參與力量，由藥學院牽頭，協同相關學科及附屬醫院等為主體進行建設，充分發揮復旦大學的多學科基礎研究和應用研究優勢資源，主要開展創新小分子藥物、生物技術藥物、復雜制劑與中藥產品的開發與轉化，致力于打通原始創新向生產力轉化的通道，推動科研創新與產業創新深度融合，構建具有影響力和競爭力的科技成果跨區域轉化平臺，打造校地合作區域創新共同體。